O IMDH inspira-se nos princípios que norteiam a missão das Irmãs Missionárias de S. Carlos Borromeo – Scalabrinianas. A Congregação nasceu da intuição profética do “Pai dos Migrantes”, João Batista Scalabrini, Bispo de Piacenza, Itália, nas últimas décadas do século XIX.

Scalabrini, diante da dramática situação dos migrantes que abandonavam a Itália rumo às Américas, sensibilizou-se de tal maneira com aquelas multidões que deixavam sua Pátria que, entre várias outras iniciativas em favor dos migrantes, fundou a Congregação dos Missionários de São Carlos, em 1887, e a Congregação das Irmãs Missionárias de São Carlos Borromeo, em 1895.
Scalabrini traçou um projeto de evangelização e deixou aos seus e suas seguidoras uma herança de espiritualidade e missão para seguir atuando, solidários na cotidiana itinerância, para a melhoria da qualidade de vida dos migrantes e dos refugiados.

Em São Paulo (Brasil), as primeiras Irmãs lançaram o alicerce da ação feminina em favor dos migrantes, principalmente os filhos órfãos dos imigrantes italianos que chegavam às levas em território brasileiro. Desde então, a Congregação desenvolve sua ação pautada no Evangelho vivo, feito serviço junto aos irmãos e irmãs em mobilidade, compartilhando com eles e elas, através de diversificadas presenças pastorais, as dores e alegrias, as buscas e conquistas, a esperança e a fé.

Nesse espírito e voltado aos mesmos objetivos, o IMDH surgiu para ser uma presença atuante nessa causa e oferecer sua contribuição na reflexão, sensibilização da sociedade e ação em defesa dos direitos humanos de migrantes e refugiados.